Sim, foi planejado desde o começo.
De acordo com a p.143 do Extras dos Registros dos Capitães: o Guia Não Autorizado das Novas Viagens da Trek por Edward Gross e Mark Altman, o episódio foi planejado durante os primeiros estágios de desenvolvimento do Voyager , e cita a produtora executiva Jeri Taylor dizendo,
"State of Flux" was one of the first [stories] that we bought."