Sempre que você tiver materiais de tipos diferentes se unindo, sempre deseje deixar espaço para expansão, pois eles se expandem em taxas diferentes.
Use as partes de transição onde quer que você tenha essas junções de materiais - essas são as peças de acabamento que ficam por cima da transição para ocultá-las, dando a aparência final.
No caso de ladrilhos que atendem madeira, como outros já disseram, deixe o espaço vazio, ou calafete com um material que permanecerá flexível feito para a junção específica (não consigo pensar em uma mão, então eu deixe-o vazio) e cubra a junção com o quarto de volta ou o sapato para um olhar terminado profissionalmente.
Assim: (não meu projeto)