Estou um pouco sem dar conselhos sobre este assunto, porque eu nunca ouvi falar dele (com falta de queimar os ingredientes no prato). Há uma amargura muito, muito ligeira no macarrão ao estilo ramen devido ao conteúdo alcalino do kansui (carbonato de potássio e carbonato de sódio ou bicarbonato em solução aquosa), mas em macarrão típico de qualidade razoável eu esperaria que o amargor fosse menor que, digamos, a pele externa de um pretzel.
Para mim, parece que você tropeçou em macarrão de baixa qualidade, ou você é hipersensível ao conteúdo muito leve de álcali. Você pode considerar a procura de noodles de ovos chineses, que têm uma cor semelhante, mas podem ter menos ou nenhum kansui, ou você pode tentar um macarrão completamente diferente, como udon, e fazer yaki-udon em vez disso. Alternativamente, considere experimentar uma marca diferente de macarrão, ou uma forma diferente (seca em vez de refrigerada, congelada em vez de seca, etc.) Uma marca local de macarrão refrigerado para yakisoba disponível onde eu moro (Seattle) tem sido tão inconsistente em qualidade para mim, eu pulo e vou direto para os (provavelmente importados) congelados em nosso mercado. (Os secos exigirão uma breve ebulição), mas no meu caso, nossa queixa era de textura, não de amargura. Mudar para um fornecedor diferente pode resolver seu problema.
ETA: Ocorre-me que, se você estava começando com macarrão seco, você pode encontrar rancidez com outros antigos. Isso é um pouco mais agressivo do que apenas amargura, mas eu já vi isso ocasionalmente com macarrão empacotado há muito esquecido; era óbvio antes de cozinhar, então eu acabei de jogá-los.