Porque eles não confiam mais nele.
Até a revelação de Lorca, a tripulação acreditava que ele era o Lorca de seu Universo. Um homem com uma história conhecida na Star Fleet, com uma reputação conhecida.Quando é revelado quem realmente é Lorca, a tripulação não pode mais confiar nele. Ele está mentindo para eles há muito tempo; a tripulação não pode ter certeza do que era verdade e do que não era.
Então agora eles não podem confiar em seus motivos. Eles não podem confiar em quanto de sua história pessoal com ele é verdadeiro. Eles não podem confiar em quantas de suas ordens foram destinadas a promover seus planos.
Importante, Mirror Lorca alterou deliberadamente a unidade de esporos para chegar ao universo Mirror. Isso comprou a tripulação do Discovery em perigo e quase matou Stamets.
Tratá-lo como um inimigo é um movimento defensivo: tudo o que ele faz agora será recebido com suspeita e escrutínio. Além disso, Lorca perde todos os seus privilégios e direitos. Suas ordens anteriores podem ser ignoradas.