O Imperador era muito, muito paranoico com o status da Casa Corrino. Ele era o imperador, sim, mas Leto era seu primo, também de nascimento nobre, e Leto era muito mais popular do que qualquer outro na época no Landsraad. Leto foi o porta-voz não oficial do Landsraad, na verdade, sua "posição mais alta". Isso por si só mandou Shaddam para um ataque, alguém que foi capaz de reivindicar o trono em virtude de sangue nobre era popular e bem apoiado entre a maioria das casas nobres. No entanto, Leto também tinha um enorme exército particular, e a Casa Atreides desenvolveu treinamento que tornou seus soldados superiores aos Sardaukar.
"The Padishah Emperor turned against House Atreides because the Duke's Warmasters Gurney Halleck and Duncan Idaho had trained a fighting force -- a small fighting force -- to within a hair as good as the Sardaukar. Some of them were even better. And the Duke was in a position to enlarge his force, to make it every bit as strong as the Emperor's."
Esta é uma citação de Thufir Hawat.
Se os Atreides tivessem conseguido treinar todo o seu exército dessa maneira, eles teriam uma força maior que o exército da Casa Corrino, que também era melhor em combate do que os Sardaukar. Afirmo que eles teriam sido melhores porque eram espertos onde os Sardaukar eram brutais. Shaddam IV sabia tudo isso quando iniciou o plano de atrair os Atreides para Dune e usar sua antiquíssima vingança com os Harkonnen para destruí-los. Você vê, sua pergunta pergunta por que o Imperador concordou, mas, realmente, era o plano dele. Daí, "parcelas dentro de parcelas". Ele havia planejado tudo isso e fez os Harkonnen pensarem que era ideia deles!
Quanto a "por que tem que estar em Arrakis mas não em Caladan"? Se você está perguntando por que o imperador ou o Barão não podem atacar até que os Atreides deixem Caladan, é porque Caladan é um enorme planeta com bilhões de pessoas e atacar arbitrariamente o feudo de uma casa nobre com bilhões de testemunhas com certeza trará censura do Landsraad. Na Duna, as únicas testemunhas reais que não são Atreides são os Fremen, e eles não vão dizer nada.