De acordo com esta resposta , eu acredito que SW: KOTOR e a sequela são considerados cânones de nível C. É cânon, a menos que contradiga algo que está em um romance ou no cânon do nível G.
Em qualquer videogame SW com múltiplos finais para quests, acredito que a resolução do canon é a 'melhor' - aquela que oferece os pontos mais "light side". Em canon, acredito que todas as missões secundárias são consideradas tomadas.
Vale a pena destacar também que os videogames são normalmente considerados "menos canônicos" do que os romances da UE - o nível G supera os romances, os romances superam os videogames. É provável que os quadrinhos caiam nos romances, exceto quando eles estão ligados a um jogo - então os quadrinhos superam a jogabilidade, mas um romance da UE ainda prevalece sobre isso.