Isso é abordado na novela oficial do filme. Como Comandante da Aliança Rebelde, sua posição evidentemente lhe garante autoridade para contra-ordenar as ordens como achar melhor, presumivelmente com a ressalva de que as novas ordens ainda são do melhor interesse dos objetivos maiores da Aliança.
Artoo then gently beeped a reminder about Princess Leia’s order. Exasperated, the young pilot exclaimed, “I’m countermanding that order! Now, be still.”
The little droid fell silent. Luke was, after all, a commander in the Rebel Alliance and, as such, could countermand orders. He was making a few minor adjustments on the controls when Artoo chirped up again.