Ele fez usá-lo:
to kill Amy back in 102 A.D.
em seu disfarce de guarda do National Museum: ele atirou no Dalek e o forçou a recuar !!
(and possibly many times more over the years - or rather centuries - while protecting the Pandorica and Amy within it)
Além da citação perfeita do @ Ixrec : Rory deve ter sido humano novamente, já que
immediately afterward Amy and Rory went on their honeymoon which led to River, which would have required them both to be human.
Se você está falando quando Rory era um Auton em The Pandorica Opens e, portanto, tinha uma arma em sua mão de plástico, a resposta é que ele voltou a ser humano após o universo ser reiniciado no episódio seguinte, The Big. Bang.
Eu estava um pouco confuso sobre isso até que o médico disse isso no meio da próxima temporada, em A Good Man Goes to War:
DOCTOR: No! No! Impossible! It's all running about, sexy fish vampires and blowing up stuff. And Rory wasn't even there at the beginning. Then he was dead, then he didn't exist, then he was plastic. Then I had to reboot the whole universe. Long story.
Que eu tenho quase certeza é uma confirmação de que Rory é humano após o "reboot".
Além disso, em A Maldição da Mancha Negra, Rory corta a mão em uma espada. Um Auton provavelmente não seria danificado tão facilmente.
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