Como eles esperavam repopular o mundo com as jubarte depois de 'Star Trek IV: The Voyage Home'?

As jubartes não foram trazidas de volta para repovoar a espécie. A principal razão pela qual eles queriam as baleias era responder à sonda que estava perto da Terra e destruí-la.

No filme, uma sonda gigante estava se movendo através do espaço e transmitindo um sinal que estava desativando a energia das naves espaciais enquanto elas se moviam pelo espaço. Quando chegou à Terra, o sinal desativou todos os sistemas de energia da Terra e estava causando tempestades planetárias. Spock decifra que o sinal era o chamado de uma baleia jubarte, então eles tiveram que voltar no tempo para conseguir que as jubartes respondessem ao sinal.

No que diz respeito a fontes canônicas, não me lembro delas explicando no filme como duas baleias serão capazes de repovoar uma espécie a menos que usem métodos futuristas como clonagem, manipulação genética, etc.

Se você aceitar a novela de Vonda McIntyre como uma fonte, ela entra em alguns detalhes sobre isso.

Aparentemente, eles têm na mão um tecido jubarte congelado que eles poderiam clonar. No entanto, 1) não vai ajudar com o problema imediato, porque uma baleia clonada não vai conhecer nenhuma das músicas que a sonda está procurando, e 2) as jubartes têm cérebro grande o suficiente para aprender muita coisa de seus pais ou eles não vão sobreviver, razão pela qual ninguém tentou reintroduzi-los antes.

"If the probe wants a humpback, we'll give it a humpback," McCoy said. "We've reintroduced other extinct species by cloning frozen tissue samples-"  

"The same difficulty remains, Dr. McCoy," Spock said. "The reason great whales have not been reintroduced to earth's seas is that no great whales still exist to teach them survival, much less communication. You could clone a whale, of course-but you would create a lonely creature with no language and no memory of its own culture. Imagine a human child, raised in complete isolation. Imagine. . . my own existence, had you refused to undergo fal-tar-pan. No. A cloned whale, crying its despair, could bring only further destruction. Besides," he said, considering practicality, "I doubt earth could survive for the years it would take to grow a cetacean to maturity."

Samples of whale cells, preserved in the twentieth century, would add to the species' genetic diversity through cloning. Legends and myths to the contrary, two individuals-even three, when Gracie's calf was born-were not sufficient to reestablish any species. The whales would never again be hunted, and their freedom would never again be curtailed.

Você sabe, agora que eles fizeram isso uma vez, eles poderiam voltar no tempo novamente e obter mais algumas baleias. Se eles voltarem o suficiente, podem até evitar ter que lidar com caçadores de baleias.

Normalmente, eles não se incomodariam em fazer isso (Diretiva Prime Temporal), mas se a corrida que enviou a sonda fizesse um problema, bem ...

Sabemos que a clonagem não é vista favoravelmente no século 24 até onde os humanos vão, mas, não há nada a dizer que as mesmas regras se aplicam no caso de trazer de volta uma espécie da extinção.

A inseminação artificial pode ser a melhor opção com alguma manipulação genética para extrapolar o genoma e fazer diferenciais genéticos suficientemente grandes para evitar possíveis problemas (defeitos) e possivelmente com alguma clonagem na mistura também.