O seu entendimento não está correto, ela pode, de fato, entrar na Alemanha sem visto, como todos os detentores de documentos de residência dos países Schengen. Isto não se baseia na liberdade de circulação (e é por isso que não exige que ela esteja com o marido), mas no Código das Fronteiras Schengen, artigo 6.º, n.º 1, alínea b) e aplica-se mesmo a uma autorização de residência regular (ou seja, para pessoas que residem em algum lugar no espaço Schengen como estudantes, trabalhadores, etc., sem qualquer relação com um cidadão da UE).
Tecnicamente, ao visitar outros países Schengen, os portadores de visto de residência devem preencher todas as condições para os visitantes (meios financeiros suficientes, etc.), mas existe uma exceção explícita para o trânsito: Se você estiver viajando de volta ao seu país de residência (e pode provar isso com um ticket), essas condições podem ser dispensadas. Na prática, se tiver um cartão de residência para um membro da família de um cidadão da UE, os seus direitos são tão strongs que os guardas de fronteira raramente se incomodam em estabelecer que você é realmente o titular do cartão.
O exemplo que você notou pertence a países não-Schengen (há pontos visíveis na página) e só é válido lá.