Sim, o efeito ainda se aplica
Usar uma arma com duas mãos não dá automaticamente uma arma a propriedade "two-handed" que é uma propriedade específica de certas armas ( SRD p.65 ):
Two-Handed: This weapon requires two hands when you attack with it
Usar uma arma versátil com duas mãos simplesmente altera o dano causado pela arma, não garante ou remove propriedades da arma.
Veja também este tweet de Jeremy Crawford que apóia essa afirmação.
Pedro Coelho @rockhollyrabbit · 13 Feb 2017
@JeremyECrawford for the Hexblade pact's Hex Warrior does the 2handed thing include versatile weapons wielded 2 handed or just pure 2handed?Jeremy Crawford @JeremyECrawford · 13 Feb 2017
Two-handed and versatile are two different weapon properties (PH, 146–7). A reference to one is not a reference to the other: A ≠ B.Gerardo Ramirez Arme @mex_rage 13 Feb 2017
so hexblade works with a longsword hold in 2 hands thenJeremy Crawford @JeremyECrawford 13 Feb 2017
That's correct.