Na maioria dos casos, os funcionários de imigração não sabem de onde você vem quando você aparece em sua mesa, já que as pessoas que chegam em vários voos chegam ao mesmo tempo.
Além disso, o visto não inclui rotas de voo prescritas, você poderia ter encontrado um acordo melhor com uma companhia aérea que passa pelo Paquistão, o que é uma coisa muito comum.
Portanto, não, não importa, desde que o seu passaporte e visto estejam corretos para a sua estadia.
Você não pode solicitar visto se não for residente na maioria dos países agora, mas no passado você costumava obter um visto para o próximo país daquele em que, ou para alguns países à frente, viajava da maneira que podia.