Sim, particularmente na sua situação em que a companhia aérea pode ver que ocorreu devido a um atraso no voo de entrada. Nessa condição, o atraso invadiu o "tempo mínimo de conexão" entre o LGA e o EWR (que é de três horas).
Se você estivesse envolvido em um atraso entre o LGA e o EWR, também esperaria ser reacomodado. No entanto, isso é um pouco mais difícil de afirmar e provar.
(Tudo isso depende do fato de esses vôos estarem em um único ticket - ou seja, comprados ao mesmo tempo de um vendedor).
A propósito, você pode escrever "LGA-EWR" como "LGA // EWR" para indicar que você não está voando entre LGA e EWR, mas usando transporte alternativo.