Isso é difícil de responder desde:
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Esse incidente nunca aconteceu nos livros.
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Nunca estamos a par dos pensamentos mais profundos de Stannis sobre o assunto.
Olhando para sua história, há duas motivações possíveis que o levariam a priorizar a guerra pela vida de sua filha:
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Ambição para poder. Stannis nunca fez segredo de que ele deseja o Trono de Ferro e ele frequentemente repete que é "devido" a ele. Então talvez ele valorize o Trono de Ferro e todos os direitos que lhe foram negados sobre sua filha.
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Para servir o bem maior. Stannis é também um crente (cauteloso) da guerra entre R'hllor e o Grande Outro. Ele acredita que derrotar o Grande Outro é sua maior missão, e ser o rei de Westeros é apenas um trampolim para esse grande objetivo. Ele também foi liderado por Melisandre para acreditar que sacrificar sua filha é a única maneira de ele avançar nessa guerra. Então talvez ele tenha sacrificado seu amor por sua filha para derrotar o Grande Outro, da mesma forma que Azor Ahai (que alguns acreditam ser uma encarnação de) sacrificou a vida de sua amada esposa Nissa Nissa para forjar Lightbringer.
Na minha opinião, o segundo é o mais convincente.