No canon, não sabemos realmente
Muito poucos trabalhos continuam sendo canônicos, se eles foram publicados antes de abril de 2014. Apenas os filmes originais e a série Clone Wars são considerados canônicos. Até onde sei, o número de soldados nas Estrelas da Morte não foi solidamente indicado nos filmes.
A Estrela da Morte também atirou em um navio rebelde no Retorno dos Jedi , então sem saber se a Estrela da Morte tinha uma tripulação esquelética ou (como em material não-canônico) um complemento completo, Não posso ter certeza de qual lado levou mais baixas.
Legendas
Em Legends, conforme indicado em esta resposta , as duas Estrelas da Morte combinadas tinham
Parece claro, então, que muito mais Imperiais morreram em defesa das Estrelas da Morte do que os rebeldes nas mãos de suas guarnições, ou devido a seus superlasers.
Embora vários indivíduos tenham evacuado a segunda Estrela da Morte antes de sua destruição, a primeira Estrela da Morte não recebeu tal aviso.
Isto é tudo assumindo que não contamos Alderaan como um número de mortos Rebeldes, é claro.
Se contarmos Alderaan, então, seja em canon ou Legends, houve muito mais mortes associadas a Rebeldes. Alderaan tinha uma população de cerca de 2 bilhões, de acordo com Star Wars: absolutamente tudo que você precisa saber , que, tendo sido publicado após a aquisição da Disney, é canônico.
Isto claramente supera os vários milhões de pessoas nas duas Estrelas da Morte.