Você pode entrar, a parte on-line do ESTA não é tão importante.
Mas você precisará preencher um cartão de aterrissagem. Você será solicitado a fornecer o seu endereço e, em seguida, será lido por um Oficial de Alfândega e Proteção de Fronteiras dos EUA (geralmente duas vezes: uma vez no controle de passaportes e novamente na alfândega). Se você estiver realmente em trânsito, é normal fornecer o endereço do aeroporto quando estiver em trânsito.
O oficial pode questionar suas intenções futuras. No passado, quando eu estava viajando para o Brasil via Nova York, pediram que eu declarasse onde ficaria no Brasil e minhas razões para ir ao Brasil, incluindo um breve plano do que pretendia fazer lá. Foi uma conversa amigável que durou alguns minutos, mas só porque eu não estava mentindo.
Nesse caso, meu carimbo de entrada nos EUA estava limitado a um dia, o que naturalmente era perfeitamente suficiente desde que eu estava em trânsito e partiu cerca de duas horas depois de eu chegar. (Em todas as outras entradas que recebi noventa dias.)
É melhor fornecer um endereço aproximado no formulário do CBP dos EUA e explicar-se sobre isso quando questionado, em vez de ser pego mentindo sobre trânsito.