Não deve haver nenhuma mudança significativa na programação do S-Bahn devido à Oktoberfest, mas procure por avisos publicados.
Os controlos de saída e o rastreio devem demorar < 30 min (a minha última experiência foi de < 10 min, na verdade). Isso dependerá de quaisquer filas aceleradas que você qualifique.
Para maior clareza, pode haver verificações adicionais, mas não necessariamente separadas. Eu saí do MUC em torno de todo o burburinho recente e 'segurança' foi apenas um pouco mais teatral do que o habitual, muitos limpadores de cotonete e dote extra.
Você pode ser apenas perguntar a um funcionário do aeroporto quanto tempo leva para entrar no terminal por volta de 1330 e fazer planos a partir daí.