O pessoal de manuseio aéreo / terrestre procurará seu passaporte para verificar sua identidade (como todas as transportadoras de baixo custo fazem em minha experiência), mas eu não sei se elas passarão pela página de identificação e procurarão um visto. (Mais frequentemente do que não, eles não, na minha experiência, mas aparentemente a Ryanair, ver a resposta de Guido).
Como o voo é um voo Schengen interno, o risco de ser impedida de entrar (e, portanto, de multa da companhia aérea) é muito pequeno, de modo que não é necessário verificar seu status tão bem quanto, por exemplo. para uma mosca para o Reino Unido. Com toda a probabilidade, você não terá qualquer interação com a polícia.
No entanto, não encontrei o recibo da sua candidatura para um novo cartão de residência no EU banco de dados de documentos de viagem válidos então, legalmente falando, não acho que seja válido (em contraste, documentos similares da França estão neste banco de dados).
Finalmente, se a sua cidadania permite que você entre no espaço Schengen sem visto, não ter um carimbo de entrada seria tecnicamente um problema, mas não é algo que a companhia aérea se preocupa. Como você não passará por uma fronteira externa Schengen, isso não deve ser um problema.
Portanto, no geral, pode funcionar na prática, mas, dependendo da sua cidadania, parece arriscado.