Não com ataques desarmados
A partir da errata do primeiro guia do jogador , os ataques desarmados não contam mais como armas.
Instead of using a weapon to make a melee weapon attack, you can use an un-armed [sic] strike: a punch, kick, head-butt, or similar forceful blow (none of which count as weapons).
O dano bruto requer uma arma:
Whenever you hit with a weapon that you’re proficient with and deal damage, the weapon's damage increases
Isso significa que o Flurry of Blows não pode usar o Brute Damage, pois ele só usa ataques desarmados ( emphasis meu):
Immediately after you take the Attack action on your turn, you can spend 1 ki point to make two unarmed strikes as a bonus action.
Você poderia usar uma Arma Monge com Artes Marciais
Artes marciais afetam certas armas além de ataques desarmados ( ênfase minha):
You can use Dexterity instead of Strength for the attack and damage rolls of your unarmed strikes and monk weapons.
You can roll a d4 in place of the normal damage of your unarmed strike or monk weapon.
Se estiver usando uma arma de monge, o dano bruto será aplicado.