Nós realmente não sabemos como não é indicado nos livros. Mas aqui está o meu palpite: aprendemos com a Câmara Secreta, que existem lugares escondidos dentro de Hogwarts que só são acessíveis a partir de certos lugares. Eu não acho que é improvável que haja mais lugares escondidos como esse.
Tome a Sala de Requisitos como um exemplo: Sua entrada é no sétimo andar e ainda há uma passagem secreta para Hogsmeade ...
Eu acho que as masmorras estiveram lá para sempre e por acaso estavam acessíveis a partir daquele alçapão no terceiro andar.
Sua única entrada oculta os torna predestinados para a tarefa de esconder a Pedra Filosofal.Então eu acho: eles não construíram o local para esconder a pedra originalmente, mas escolheram o melhor lugar que tinham e tornaram ainda mais difícil o acesso com suas armadilhas / magias.