Meu palpite é que algo na linha de suprimento de gás do aquecedor está assobiando (uma vibração está sendo induzida pelo fluxo de gás). Isto pode indicar um bloqueio ou deformação de um ou mais dos jatos de gás. É improvável que haja algum problema com a chaminé de escape ou com a água no tanque, como você diz.
A outra coisa que pode ser, dependendo da proximidade do tanque ao seu medidor de gás, é que o gás no medidor (que reduz a pressão do gás para um nível adequado para os aparelhos de sua casa) está começando a falhar e o aquecedor, sendo o mais próximo do gás reg, está captando uma vibração através da linha de gás que é induzida pela falha na reg. Isso é menos provável, especialmente se nenhum outro aparelho fizer o menor ruído, e o próprio reg não estiver fazendo barulho quando o gás estiver fluindo.
Quanto a consertá-lo, isso é algo que eu deixaria para um profissional, mas isso é porque eu sei o suficiente sobre gás para saber que posso estragar tudo. A correção provavelmente seria substituir quaisquer tubos e conexões de gás obviamente esmagados ou deteriorados na instalação do HWH e, possivelmente, desmontar a linha de volta à parede para garantir que não haja entalhes ou amassados nas extremidades do tubo de onde o instalador caiu e danificado, então instalado de qualquer maneira.