O tempo gasto em Espanha autorizado por um visto nacional de longa duração (tipo D) espanhol ou autorização de residência não conta para o relógio de 90/180 dias. Tempo gasto em qualquer outro lugar do espaço Schengen.
A menos que eu esteja interpretando mal sua história, isso significa que sua viagem da Espanha está excluída dos cálculos de 90/180 dias, mas a da Alemanha está incluída.