Pode ser Paranormal Mystery Squad , cabe principalmente o que você descreveu. Um protagonista feminino, uma equipe de três, caçadores de monstros, uma agência do governo contra o assassinato de monstros e o estilo de anime. A única desvantagem é que começou em 2011.
Este webcomic tinha seu próprio site no passado, mas agora está mesclado com outro.