Não haverá problemas na Fronteira do Reino Unido, os funcionários não sabem sobre os detalhes da sua reserva. De qualquer forma, é bastante normal ter dupla nacionalidade, especialmente em Heathrow.
BTW, acredito que você possa entrar no Reino Unido com um passaporte HK (SAR) por até seis meses. Existe uma razão pela qual você prefere entrar no seu passaporte japonês? Ou estou enganado?
Se assim for, eu mostraria o passaporte japonês para a companhia aérea para satisfazer a companhia aérea que você será admitido no Reino Unido sem nenhum problema.
Você pode entrar na Rússia seguindo o sinal de saída / chegada / voos domésticos (em vez de trânsito internacional) e mostrar ao inspetor de imigração seu passaporte HK SAR.
Ao sair da Rússia, você deve mostrar seu passaporte japonês para o check-in da empresa aérea novamente, mas certifique-se de mostrar o controle de saída do seu passaporte HK SAR. Desde que você entrou na Rússia com o passaporte HK SAR, você deve garantir que esteja carimbado no mesmo passaporte.
Se houver algum problema ou confusão, você deve ser honesto, não é incomum ter vários passaportes.
(No entanto, eu não sabia que o Japão permite dupla nacionalidade.)