Não.
O objetivo do controle de tráfego aéreo é evitar colisões e expidir e manter um fluxo ordenado de tráfego aéreo. Um controlador de tráfego aéreo não tem voz em quem consegue voar e quem não tem. Recusar um certo vôo seria algo que precisa ser feito em um nível político, e certamente longe de um nível operacional.
Lembre-se também que, exceto em casos especiais, os controladores de tráfego aéreo não têm como saber quem está a bordo de uma determinada aeronave. Essencialmente, tudo o que vemos é um ID de voo e uma rota. Os controladores de tráfego aéreo não estão em contato com as listas de passageiros a qualquer momento.
Além disso, os controladores de tráfego aéreo não têm nenhuma maneira física de impedir que os vôos ocorram. Veja esta resposta ligeiramente relacionada: Pode um piloto decolar em seu próprio critério?