Você pode cortar juntas de expansão com algo assim:
Esta é uma serra de concreto que pode ser alugada na maioria dos centros de aluguel (eu sei que o Home Depot tem).
Após as juntas serem cortadas, preencha-as com uma boa calafetagem de poliuretano.
Eu esperaria até você cortar as juntas antes de preencher as rachaduras existentes, já que é provável que o trabalho que você está fazendo com a serra resulte em vibração ou "abuso" do piso e possa ampliar as rachaduras existentes.