Caso o tempo total que você pode gastar seja mais ou menos fixo, eu escolheria fazer aproximadamente duas semanas no Japão e uma semana na Coréia. Meu itinerário de sugestão seria o seguinte, embora tenha em mente que é exatamente o mesmo se você fizer isso na ordem inversa:
Compre bilhetes de jade aberta para Zurique-Tóquio e Seul-Zurique, você provavelmente terá um preço razoável com Turkish Airlines .
Fly Zurich-Tokyo, passe cerca de 5 dias em Tóquio e arredores, um dia de viagem a Kamakura seria bom. Em seguida, comece a usar o Japan Rail Pass de 7 dias que você comprou antecipadamente. Pegue um trem de manhã cedo de Tóquio para Shin-Fuji, espere pelo tempo claro e dê uma olhada na montanha, depois continue para Kyoto à tarde. Passe cerca de 4 dias nessa região, também visitando Osaka, Nara e talvez Kobe. Vá para Hiroshima no dia seguinte, fique lá por um dia e depois para Kyushu no outro dia, onde você eventualmente pegará uma balsa para Busan.
Passe dois dias em Busan, depois pegue um trem para Gyeongju, mais dois dias lá, e depois um ônibus para Seul. Passe seus 4 dias finais lá, opcionalmente fazendo um tour DMZ (recomendado por muitos, embora eu não tenha gostado).
De qualquer forma, você terá uma barreira de idioma. Inglês não é amplamente falado lá. A situação na Coréia é um pouco melhor do que o Japão na minha experiência.
Há outra versão do Japan Rail Pass que permite que você use as balsas entre o Japão e a Coréia e os trens na Coréia também, mas não vale a pena o dinheiro extra na minha opinião. Os ônibus e trens na Coréia são tão baratos em comparação com o Japão, a compra de bilhetes individuais será mais eficiente.
Ambos são países incríveis para se visitar, aproveite a viagem!