Como o Flood foi capturado?

Os precursores provavelmente coletaram amostras de esporos para investigação após batalhas ou durante a esterilização. Eles também tiveram que lutar contra um Gravemind em um dos Halos (veja Halo: Primordium), que teria fornecido amostras abundantes de pesquisa.

Você também está subestimando o escopo da infecção pelo Flood. Está implícito que cada Halo só manteve talvez 2 ou 3 esporos para estudo, talvez algumas formas de infecção, e talvez algumas instalações especializadas de armazenamento a frio mantivessem formas de inundação intactas maiores (mas isso é discutível devido à natureza do Halo Array). Os Forerunners sabiam e afirmavam que um único esporo Flood poderia acabar com toda a vida na galáxia nos Terminais de Aniversário Halo: CE (uma declaração repetida pelos Sanghelli em Halo 3 depois da Batalha de Voi).

Então eles não foram capturados, mas provavelmente foi a investigação de áreas em quarentena transformadas em tentativas desesperadas de pesquisar uma cura mágica para o dilúvio, que, de acordo com Primordium, não pode existir.

As instalações do Halo foram projetadas principalmente pelos Forerunners como instalações de pesquisa para estudar o Dilúvio. Uma vez que uma violação de contenção tinha ocorrido, os Forerunners tiveram pouco recurso, mas para ativar os protocolos de esterilização nas instalações para acabar com toda a vida capaz de sustentar o Dilúvio dentro de um raio substancial das instalações em si.

Em suma, o Dilúvio não foi capturado, tanto quanto eles foram re-selados dentro das instalações quando os Halos foram ativados.