Uma versão capturada do Boomer (acho que foi na verdade Athena) explica isso para Adama. Ela diz que os Cylons acreditam que os humanos simplesmente não mereciam viver. As implicações são por causa de sua incapacidade de viver de acordo com um padrão moral.
Pense nisso como uma limpeza ou purificação.
Além disso, do ponto de vista Cylon, os seres humanos são uma ameaça para eles e os Cylons são de longa duração. Se eles se dirigem para outra galáxia, seu medo é que em algum momento os humanos possam se espalhar e superá-los e encontrá-los novamente. Se isso acontecesse, não seriam seus filhos que foram ameaçados, seriam eles. Então, exterminar a humanidade protegeria os Cylons.