Eu só acho que é porque ele sabe que já é hora de ele ter que cuidar de seu voto inquebrável e sua promessa a Dumbledore. Portanto, ele sabe que precisa ir agora e matar Dumbledore como planejado.
Mas como ele deve chegar à Torre da Astronomia e fazer seu "trabalho" sem Flitwick seguindo-o?
E se ele o seguir, como ele deve explicar a ele o que ele está prestes a fazer? Ninguém sabe sobre o plano e foi a vontade de Dumbledore que ninguém deveria saber até o final. Ao entorpecer Flitwick, Snape age da única forma razoável.
Ele não quer que nenhum dos professores o acompanhe no caminho até a Torre de Astronomia.
Editar:
Como discutido nos comentários desta resposta, pode ser um pouco duro dizer que Snape está entorpecendo Flitwick porque ele vai matar Dumbledore. Naquele momento, Snape não sabia se Dumbledore já estava de volta a Hogwarts. E porque a Marca Negra foi lançada antes de Dumbledore e Harry retornarem, que é também a razão específica pela qual Dumbledore e Harry estão voando para a Torre de Astronomia e não apenas para a Porta da Frente, nem mesmo o leitor sabe se Dumbledore e Harry estão de volta o tempo que isso acontece.
Mas o que podemos afirmar claramente é que Snape sabia que havia algo acontecendo em Hogwarts. Então ele entorpeceu Flitwick porque se os dois encontrassem os Comensais da Morte, haveria uma situação um pouco desconfortável para Snape, já que ele não poderia atacar os Comensais da Morte, nem ele poderia matar Flitwick, então ambos os lados teriam feito algumas perguntas difíceis. Portanto, Flitwick estupidificante é simplesmente a maneira mais fácil de evitar essas circunstâncias.
Eu não mudei a resposta original, para que todos possam ver como conseguimos chegar a essa conclusão. Obrigado também a @DavidS por apontar este problema.