Quando você fizer o check-in no aeroporto, sua bagagem será marcada com seu destino final, no que se refere à companhia aérea original. Se eles puderem verificá-lo até Nairóbi (como você vai querer fazer), então sua filha não terá que tocar sua bagagem novamente até chegar lá. Em Dubai, geralmente há acordos pelos quais a bagagem pode ser transferida de uma operadora para outra, mas se você contatar a companhia aérea de origem, você pode ter certeza.
A alfândega deve ser desmarcada sempre que você deixar a parte higienizada do aeroporto. Se você não tem bagagem, isso geralmente é apenas uma formalidade - os checadores podem ver que você não tem nada além de uma bagagem de mão, e pode inspecionar isso se quiser, mas geralmente não. Eu enfatizo a "porção higienizada" do aeroporto, como uma vez, passando por Amã, dei uma passada errada numa escada rolante e acabei tendo que comprar um visto de US $ 25 para a Jordânia, apenas para voltar ao meu portão.
Note também que, mesmo que sua filha tenha que reclamar sua bagagem, contanto que ela não esteja saindo da parte higienizada do aeroporto (e em Dubai, a menos que ela esteja saindo do terminal, ela não estará) ela não precisa passar pela alfândega até chegar ao Quênia. Como regra geral, você só desalfandega quando sai do terminal.
Finalmente, Dubai é um grande hub para muitas companhias aéreas. Não vai ser confuso.
tl; dr > Provavelmente, ela não terá que se preocupar com Dubai - ela só terá que passar pela alfândega no Quênia.