Depende de quem você pergunta, realmente.
Wikipedia descreve um anti-herói da seguinte forma:
É óbvio que Jack Bauer não carece de idealismo, coragem, força ou altruísmo. No entanto, ele geralmente sacrifica os valores morais pelo "bem maior" torturando as pessoas para impedir que os bandidos matem inocentes.The antihero or antiheroine is a leading character in a film, book or play who lacks the traditional heroic qualities such as idealism, courage, nobility, fortitude, moral goodness, and altruism.
Então ele certamente não é o seu clássico Ideal Hero que luta com honra, mas, como você mencionou , ele tem muitas qualidades que também não se encaixam no clássico anti-herói. Ele não cumpre a lei ou os padrões morais, mas o justifica pelo objetivo honroso que deseja alcançar.
Infelizmente com isso ele não está sozinho. Muitos vilões praticamente vivem pelo mesmo padrão: Faça o mal para alcançar o bem. Portanto, pode-se argumentar que Jack Bauer é de fato um Extremista bem intencionado e a única coisa que o impede de ser um vilão é que nos contam a história do ponto de vista dele.
O fato de que ele ainda tem um tropo de tortura com o seu nome, a Técnica de Interrogatório de Jack Bauer , também não ajuda sua reputação. E então TvTropes parece colocá-lo claramente na categoria anti-herói:
For all intents and purposes, this is Cold-Blooded Torture. [..] Of course, anyone who does this is usually at least an Anti-Hero to begin with.
Em resumo: não é um caso bem definido, mas eu pessoalmente caracterizaria Jack Bauer como um anti-herói. Suas boas intenções e o fato de que ele está lutando contra os terroristas o salvam de ser um vilão, mas para mim seus padrões morais não são altos o suficiente para chamá-lo de herói no sentido clássico.