Acredito que a resposta a esta questão está na criação das Relíquias. Existem duas teorias principais sobre como elas foram criadas.
Em Contos de Beedle, o Bardo , nos é dito na história de Os Três Irmãos que as Relíquias foram feitas pelo próprio Morte. Se isso é realmente a verdade, então a magia que imbui as Relíquias com seu poder é a da Morte. A morte seria extremamente antiga e sua magia seria muito mais poderosa do que qualquer coisa que a bruxa pudesse invocar; A morte pode fazer coisas que nenhum mago pode fazer. Ele pode não apenas fazer com que a vida de alguém acabe, mas ele também pode restaurar sua vida, mesmo que hesite em fazê-lo. Se a Morte criou a Pedra, não é um grande salto assumir que a magia de nenhum mago poderia destruí-la, e nenhum veneno poderia prejudicá-la.
Também em ToBtB, lemos a teoria de Albus Dumbledore sobre a criação das Relíquias: que os três irmãos, Ignotus, Cadmus e Antioch Peverell, são responsáveis por sua criação. Se esse é o caso, então os Peverells teriam que ter sido magos extremamente poderosos, se não os magos mais poderosos da história registrada. Esses artefatos não poderiam ter sido criados usando a magia disponível aos magos do tempo de Harry. Em Relíquias da Morte , quando as Relíquias são discutidas na casa de Xenophilius Lovegood, Rony comenta sobre a Capa da Invisibilidade de Harry que "nunca aconteceu comigo antes, mas eu ouvi coisas sobre feitiços vestindo capas quando eles ficam velhos , ou eles estão sendo dilacerados por feitiços, então eles têm buracos. Harry era de propriedade de seu pai, então não é exatamente novo, é, mas é apenas ... perfeito ! " Se a capa de Harry é de fato a Capa da Invisibilidade da lenda, então seus encantamentos sobreviveram a sete séculos. A probabilidade de qualquer manto sobreviver sete séculos sem buracos usados também é extremamente pequena. Qualquer que seja a magia que os Peverell's usaram para criar as Relíquias, foi extremamente resiliente. Se a mágica deles poderia fazer uma capa de invisibilidade por setecentos anos, então não há como supor que a magia deles não seria prejudicada pelo veneno do basilisco. A Pedra em si estava rachada pela Espada de Gryffindor, mas a magia dentro dela era mais resistente do que uma pedra.
Sobre a destruição do efeito da Horcrux sobre a Pedra: Eu acredito que a razão pela qual o veneno de basilisco é tão efetivo em destruir Horcruxes é porque uma Horcrux está viva . O veneno é totalmente destrutivo para os seres vivos, permeando todo o homem em poucos minutos. Sua única cura são as lágrimas de Phoenix, que dizem ser tão strongs quanto o sangue de um unicórnio, restaurando alguém à beira da morte. No caso de Voldemort, o sangue de unicórnio era suficiente para lhe dar vida, mesmo após a morte de seu corpo. Meu entendimento é que, quando uma Horcrux é permeada pelo veneno do basilisco, ela mata a alma até o ponto de se tornar irreparável. A Pedra da Ressurreição não tem alma para matar; não está vivo. O veneno do basilisco não é mostrado para destruir a magia; a magia dos duendes da Espada da Grifinória foi capaz de absorver o veneno dentro de si. Os Horcruxes foram mostrados para receber danos físicos, de acordo com o que aconteceria com um objeto que é atingido por uma espada afiada. O medalhão foi praticamente destruído, mas se você acertar um verdadeiro medalhão de ouro com uma espada afiada, ele será destruído também. Dumbledore teve o cuidado de atacar apenas a Pedra que estava no ringue, pois ainda era usável depois que a Horcrux foi destruída. Uma pedra atingida com uma espada provavelmente mostraria uma rachadura, como a Pedra da Ressurreição fez.
Eu acredito que o veneno do basilisco na espada só serviu para destruir a alma viva dentro do ringue, e deixou a incrivelmente resiliente magia da Pedra, seja encantada pela morte ou por Cadmus Peverell, intocada.