Pelo que sabemos, Varys pode simplesmente ser um lealista .
Ele pode ser totalmente leal à Casa Targaryen e quando ele diz que tem o melhor interesse dos Sete Reinos no coração, ele pode não estar mentindo. Ele pode simplesmente pensar que os Targaryen são os únicos governantes verdadeiramente dignos.
Você não deve esquecer que, enquanto Aerys era louco, havia muitos outros Targaryens que eram bons líderes. A dinastia permaneceu no poder por mais de três séculos. E, embora os dragões certamente tenham desempenhado um papel na garantia de seu domínio, os Sete Reinos não os tolerariam se todos eles tivessem sido loucos ou sanguinários. Os Targaryens fizeram os Sete Reinos e o filho de Aerys, Rhaegar, foi bem amado. As pessoas provavelmente estavam ansiosas para ele tomar o trono. Então Aerys não é o último que Targaryen Varys viu. Ele sabe que eles podem fazer muito melhor que o último rei.
Daenerys está mostrando uma promessa especial. Enquanto ela ainda é jovem e aprende, ela também é bastante moderada e parece ser uma governante bastante justa. O fato de ela ter trazido dragões de volta ao mundo provavelmente também é visto como um sinal para muitos de que ela está destinada a ser uma grande líder.
Daenerys é dito várias vezes que, se ela voltasse para Westeros, várias pessoas se reuniriam em seu estandarte. Assim, o lealista de Targaryen aparentemente ainda existe em Westeros e Varys pode ser um deles. Já trabalhando para o retorno de um Targaryen ao trono de trás das cortinas.
Claro que também poderia ser ambição. Ele aparentemente fez tudo o que pôde para proteger Aerys e o avisou especialmente sobre Tywin Lannister - que então se voltou contra seu rei exatamente como Vayrs havia dito que faria. E então ele fez tudo o que pôde para manter vivos os últimos sobreviventes da Casa Targaryen e dar-lhes uma chance de recuperar seu direito de primogenitura.
Isso também garantiria a ele um lugar nos livros de história como o fazedor de reis, que devolveu os governantes legítimos ao Trono de Ferro e trouxe paz aos reinos. Ele também pode se tornar o poder secreto por trás do trono. Mas quem sabe quais são as ambições secretas que ele realmente tem.
É claro que ele não gostaria de ver tudo o que ele trabalhou para ser por nada, mesmo que uma alternativa aceitável para a paz nos reinos já tenha se apresentado.
Eu suspeito que é realmente uma mistura de ambos, sua lealdade e ambição que o mantém seguindo o caminho que ele escolheu para si mesmo. Para melhor ou pior.