O visto Schengen é válido para todo o espaço Schengen, que é de fato o objetivo do visto. Não há controlos nas fronteiras internas dentro do espaço Schengen, por isso é bastante provável que ninguém sequer olhe para o seu visto desde que viaje dentro do espaço Schengen.
De link :
Generally, a short-stay visa issued by one of the Schengen States entitles its holder to travel throughout the 26 Schengen States for up to 90 days in any 180-day period. Visas for visits exceeding that period remain subject to national procedures.
O visto aplica-se igualmente a todos os países, fonte da UE :
Any person, irrespective of nationality, may cross the internal borders without being subjected to border checks.
O seu meio de transporte escolhido não faz nenhuma diferença nos termos do seu visto. Você pode voar, pegar um trem, dirigir ou andar de bicicleta pelas fronteiras internas de Schengen. Em suma, você está completamente bem.