O teste de presença substancial é para determinar se um estrangeiro é um residente dos EUA para fins de imposto de renda. Não tem influência no status de imigração.
O risco que você deve se preocupar é um oficial de fronteira recusando a entrada porque ela parece estar vivendo nos EUA. Eu suponho que isso será mais provável depois que ela terminar seus estudos.