Eu não tenho nenhuma fonte oficial para basear isso, mas eu assumi que os locais de encontro aleatórios eram para segurança e privacidade.
Privacidade: É improvável que alguém tenha cometido erros sem ser notado. Ninguém tem uma razão para ficar dentro do alcance de interceptação do microfone (como se estivesse em um pub). Mycroft pode até não querer que seus colegas escutem o que havia entre ele e Holmes, e as pessoas em sua posição confiam no menor número de pessoas possível.
Segurança: Seria muito difícil prever onde eles iriam se encontrar para que qualquer um com motivos sinistros tivesse seu trabalho cortado para eles interromperem a reunião ou fazer qualquer coisa para Mycroft. Até mesmo John não sabia onde a reunião estava antes de começar.