Desde que o visto seja válido, você pode entrar, visto que seu status legal continuará após sua expiração devido ao seu pedido pendente de autorização de residência.
Então você vai ficar bem, mas se você está preocupado com o check-in do aeroporto de não-Schengen negando-lhe o embarque (que não deveriam), peça às autoridades portuguesas uma confirmação por escrito em inglês que o seu estatuto legal continua após o termo do visto.