O alvo não precisa ouvir o sussurro como um alvo válido
Sussurros Dissonantes observa que (PHB pg. 234):
A deafened creature automatically succeeds on the save.
Sussurros Dissonantes ainda causam metade do dano com sucesso. Então, mesmo que a criatura não consiga ouvir o sussurro, ele ainda sofre dano, mas não será forçado a se afastar do lançador. Faria muito pouco sentido para os criadores do jogo notar especificamente que uma criatura ensurdecedora (uma que não pode ouvir o sussurro) ainda sofre um efeito negativo se eles não deveriam ser alvos válidos.
Contraste esta magia com a magia Sugestão
Os estados da magia Sugestão (PHB 279, ênfase minha):
You suggest a course of activity (limited to a sentence or two) and magically influence a creature you can see within range that can hear and understand you.
Neste caso, a magia observa explicitamente que uma criatura que não pode ouvi-lo não pode ser alvo. Sussurros Dissonantes não tem essa cláusula. Com base nisso, podemos determinar que Sussurros Dissonantes ainda podem atingir uma criatura que não pode ouvi-lo (porque a magia não diz que você não pode fazer isso) e a criatura teria sucesso em salvar automaticamente (porque a magia diz que é o que acontece neste caso).