Para responder à sua pergunta atual, provavelmente. Se as autoridades notarem uma ultrapassagem excessiva, presumivelmente, elas serão registradas em um banco de dados onde não estejam vinculadas a um documento específico, mas sim à sua identidade: nome, data e local de nascimento etc. Certamente, estão cientes de que os passaportes expiram e são substituídos .
No entanto: Você tem certeza de que passou do limite? Consulte o link .
Citação (ênfase adicionada):
How long can I stay in Canada as a visitor?
A border services officer at the port of entry in Canada will determine how long you can stay in Canada. Most visitors are allowed a six-month stay from the day they entered Canada. If the officer authorizes a stay of less than six months, they will indicate in your passport the date by which you must leave Canada.
Pode não haver problema para resolver aqui.
Você diz que "ultrapassou seu carimbo", mas também diz que acredita estar coberto por 90 dias, por isso não está claro se o guarda de fronteira indicou uma data de partida quando carimbou seu passaporte. O que o selo realmente diz? Há alguma anotação escrita no selo e, em caso afirmativo, o que eles dizem?