Não sabemos exatamente como a primeira Matriz, a Paradise Matrix , foi inicializada. A história das primeiras versões da Matriz não é bem conhecida.
Nós sabemos que as máquinas experimentaram em humanos perto do fim da Guerra de Máquina . Esses experimentos os ajudaram a aprender como manipular cérebros humanos. Por exemplo, em O Segundo Renascimento as máquinas são vistas manipulando as emoções dos humanos:
É muito possível que eles aprenderam a manipular as memórias dos humanos como resultado desses experimentos, tornando possível que eles plantassem falsas memórias nas mentes dos primeiros humanos inseridos na Matriz. As máquinas certamente adquiriram a capacidade de manipular as memórias dos humanos eventualmente porque elas exibem essa capacidade durante os eventos posteriores. Por exemplo, bluepills possuídos pelos Agentes não têm memória de sua posse após os Agentes deixarem seus corpos , e o Agente Smith prometeu reinsira Cypher na Matriz com suas memórias fora do Matrix apagadas. As máquinas também são capazes de recarregar a Matriz após cada ciclo do Uno; isso requer uma mudança maciça na "realidade" da Matriz e, assim, as memórias de cada ser humano dentro da Matriz devem ser mudadas pelas máquinas para refletir essa nova "realidade".
Também é possível que as máquinas tenham povoado o primeiro Matrix com crianças e usado programas para serem adultos quando as máquinas são certamente capazes de criar programas que fazem humanos convincentes (mais notavelmente o Oracle, mas também os Agents, Sati, etc). Isto é particularmente apoiado por uma cena em The Second Renaissance em que uma criança brincando na neve é chamada por seus pais para entrar, mas a criança percebe depois que seus "pais" são Agentes. (Embora essa possibilidade ainda deixe em questão o que as máquinas fizeram com todos os adultos humanos, se eles também não estivessem na Matriz.)
É até possível que os primeiros seres humanos na Matrix estivessem inteiramente conscientes de sua existência anterior fora da Matriz; a primeira Matrix foi projetada para ser um paraíso, e as máquinas podem ter confiado na felicidade e prazer desta Matriz do Paraíso para convencer os humanos a preferirem a Matrix ao mundo real. Pode ser por isso que a Matriz do Paraíso foi um "desastre" no qual "colheitas inteiras foram perdidas", embora esse desastre também possa ser explicado como uma simples rejeição da falsa "realidade" da Matriz.
No geral, dada a experimentação das máquinas em humanos antes do fim da Guerra de Máquinas e o fato de que elas mais tarde se provaram capazes de manipular memórias humanas, é mais provável que os primeiros humanos na Matrix foram dadas falsas memórias. As máquinas também podem ter plantado uma série de programas posando como humanos para povoar a primeira Matriz também.