Posso pensar em duas razões pelas quais.
A primeira razão é que os Harkonnen têm muita experiência com esse inimigo em particular. Eles estão lidando com os Fremen há centenas de anos. Eles saberiam detalhes sobre seu inimigo que os Sardaukar não saberiam, o que lhes daria uma vantagem. Os Harkonnens não são completamente ineptos ou os Fremen teriam governado o planeta há muito tempo. A segunda razão seria que os Sardaukar estavam perseguindo ativamente os Fremen e entrando em seu território, o que tornaria a resposta dos Fremen mais bélica e mais determinada. Dito de outra forma, os Harkonnen tinham a vantagem do tribunal de origem e permaneciam nas cidades e os lugares mais seguros e fortificados que tinham feito, e os Sardaukar não. Da Duna:
Os Sardaukar estavam empurrando os Fremen para o deserto profundo, onde os Harkonnen nem ousariam pisar. Os fremen são um inimigo terrível em qualquer situação, mas em sua terra natal e lutando por seus lares eles seriam muito piores."What're they doing in there?" Paul asked.
She glanced back as they passed beyond the arch, said: "They hurry to finish the quota in the plastics shop before we flee. We need many dew collectors for the planting."
"Flee?"
"Until the butchers stop hunting us or are driven from our land."
Paul caught himself in a stumble, sensing an arrested instant of time, remembering a fragment, a visual projection of prescience--but it was displaced, like a montage in motion. The bits of his prescient memory were not quite as he remembered them.
"The Sardaukar hunt us," he said. "They'll not find much excepting an empty sietch or two," she said. "And they'll find their share of death in the sand."