Sim, você distribuirá 1d6 extra a cada raio atingido. Hex diz que:
You deal an extra 1d6 necrotic damage to the target whenever you hit it with an attack.
E Scorching Ray diz que você:
Make a ranged spell attack for each ray. On a hit, the target takes 2d6 fire damage.
Finalmente, para deixar bem claro que todos os 3 raios contam como ataques separados, temos os seguintes conselhos das Regras Básicas do Jogador:
If there’s ever any question whether something you’re doing counts as an attack, the rule is simple: if you’re making an attack roll, you’re making an attack.
Então, sim, cada raio de Scorching Ray é um ataque individual, e todos eles acionam Hex separadamente se acertarem o alvo.