Isso não é explicado no programa, mas é um pouco mais sensato do que aparece pela primeira vez; Há alguns fatores que contribuem:
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Os Vanir estão precisando de recursos. Em um ponto, Daniel tem uma longa conversa com o líder Vanir, que sugere que seu pessoal está em apuros um pouco sérios (grifo meu):
Vanir: The Wraith do not tolerate the presence of advanced technologies other than their own. Before we knew what was happening, we were under attack. We lost our intergalactic ships in the first battle, and we did not have the resources to build more.
[...]
Vanir: We had no choice but to abandon our settlements and retreat to a place where the Wraith could not look for us - a planet with a toxic atmosphere.
[...]
Vanir: It was tolerable at first. We were able to survive using simple breathing apparatus. But over the eons, the environment has grown so harsh that not even our armored exoskeletons can protect us now.
[...]
Vanir: My people are dying.
Stargate: Atlantis Season 5 Episode 11: "The Lost Tribe"
Parece que os Vanir, embora ainda possuam tecnologia muito além do que os humanos conseguiram, não estão de acordo com os padrões dos Asgardianos que encontramos em SG-1 .
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Eles não tinham o gene ATA. Você mencionou isso na pergunta, mas vale a pena ressaltar que não all A antiga tecnologia exigia a presença do gene ATA; os próprios Stargates são um excelente exemplo disso, e Carson acena para ele no primeiro episódio de Atlantis :
Carson: We think the gene was used as a sort of genetic key, if you will, so that only their kind could operate certain dangerous or powerful technologies.
Stargate: Atlantis Season 1 Episode 1: "Rising, Part 1"
E no terceiro episódio, aprendemos que alguma tecnologia só precisa ser "preparada" por alguém com o gene, após o que qualquer um pode usá-la:
Grodin: It seems some Ancient technology requires the user to have the gene. Other things merely require initialization. Once activated, like the control room, anyone can push the buttons to make them work.
Stargate: Atlantis Season 1 Episode 3: "Hide and Seek"
Como o Attero Device certamente se enquadra na categoria "perigoso e poderoso", faz sentido que o gene ATA seja necessário para operá-lo, mas isso não significa necessariamente que todo o posto avançado o faria. Mesmo que tenha, no entanto, não há razão para acreditar que não se comportaria de maneira semelhante à sala de controle da Atlântida: os Vanir poderiam ter raptado qualquer número de humanos da galáxia Pégaso até encontrarem alguém que pudesse "preparar" a estação e deles.