Usando Booking dot com você pode encontrar em todo o país e filtrar por "hostel" para que você possa obter de uma vez todos os preços. Especificamente para o Japão aqui está o link ordenado por preço e filtrado para mostrar apenas os albergues. Você tem mais de 1000 opções para escolher entre 7 euros.
Este é apenas um exemplo e temos em mente que o Booking não possui todos os albergues no Japão, mas provavelmente a maioria deles.
Observe que, se você quiser apenas a lista de cidades com albergues, pode consultar a lista que aparece na barra lateral esquerda depois de filtrar por "albergue" (26 cidades no exemplo).