Toda vez que Thoros usava seu poder para levantar Beric dos mortos, havia poucos minutos da morte de Beric. Mas Lady Catelyn estava morta e flutuando rio abaixo por dias . Como visto no sonho de Arya, os lobos já estavam atacando seu cadáver quando Beric, Thoros e col. subiu. Thoros deve ter ficado nervoso ao tentar usar seus poderes em um corpo que estava morto há tanto tempo. Ele temia quais seriam os resultados. Ele temia o desconhecido : ele nunca tentou levantar um cadáver dias após a morte.it had been too long.
Lembre-se que Thoros nunca foi um grande sacerdote. Ele foi mais com Beric pela chance de ficar bêbado e correr por aí com uma espada flamejante do que por qualquer tipo de motivação religiosa. Dar o beijo da vida era parte de uma cerimônia fúnebre que ele deu a Beric depois de sua primeira morte, e ele ficou tão surpreso quanto qualquer um quando funcionou. Ele provavelmente não sabia muito sobre esse poder, ou não se lembrava muito do que havia aprendido sobre isso. Ele estava bem em aumentar o tempo de Beric após o tempo, sob circunstâncias semelhantes, pela primeira vez. Mas com Catelyn ele não tinha ideia do que poderia acontecer.
TL; DR: medo do desconhecido.
Quanto a por que ele não impediu Beric de tentar, a resposta curta é que ele não podia . Ele não estava no comando de Beric; se alguma coisa, foi o contrário. Muito provavelmente ele aconselhou Beric a não tentar criá-la, talvez implorou a ele, mas no final Beric está no comando.
E depois do fato, ele pode ter visto Catelyn / Stoneheart como a nova encarnação de Beric ; afinal, ela está andando e respirando apenas porque recebeu sua força vital. Ele não podia mais apoiar Beric depois de sua morte, então ele fez a coisa mais próxima que pôde e a apoiou como o novo líder da Irmandade. E mesmo se ele não o fizesse, por que diabos ele deixaria a Irmandade? Ainda há bom trabalho a ser feito, e ele pode ajudar a Irmandade a ajudar os pequenos, independentemente de quem estiver no comando.
No final do dia, porém, a resposta curta é não estamos certos . Nós nunca vimos a cena em que Thoros se recusa a criar Catelyn e Beric, nem a subsequente mudança de poder na Irmandade. Nós não sabemos se Thoros tentou impedir Beric, nem se ele apoiava Lady Stoneheart como novo líder da Irmandade. Tudo o que sabemos é o que está na pequena citação que você deu em sua pergunta. Mas acho que minha especulação acima é bem fundamentada e, provavelmente, a melhor explicação para o que aconteceu.