O conselho governante de Sião era também a nova população de sementes de Sião?

Parece altamente improvável. Todas as boas evidências são de que a atual iteração de Sião tem cerca de cem anos de idade. Mesmo assumindo que a quantidade de tempo que demorou para que O Único encontrasse / localizasse Zion depois de liberar as "sementes" era insignificante, ninguém no conselho está em qualquer lugar perto disso.

Morpheus: No, I stand here without fear because I remember. I remember that I am here not because of the path that lies before me but because of the path that lies behind me. I remember that for 100 years we have fought these machines. I remember that for 100 years they have sent their armies to destroy us, and after a century of war I remember that which matters most... We are still here!

É mais provável que a razão pela qual não haja rapazes no conselho é porque os óbvios jovens candidatos a esses papéis de liderança (Locke, Morpheus, etc) trabalham principalmente como capitães dos vários países ou ativamente envolvida na defesa da cidade, em vez de ficar sentado fazendo política interna sobre quantos chuveiros os cidadãos podem tomar por semana.

Quando a Neo conhece o Arquiteto em Matrix Reloaded , parte de sua troca é a seguinte:

Architect: The Matrix is older than you know. I prefer counting from the emergence of one integral anomaly to the emergence of the next, in which case this is the 6th version.

TV Neos: Ones before me? What are you talking about?

Neo: There are only two possible explanations, either no one told me, or no one knows.

Architect: Precisely.

https://www.matrixfans.net/movies/the-matrix-reloaded/transcript/

Como Neo observa, a única maneira que ele não sabe sobre os ciclos é se alguém fica quieto, quem sabe, ou as pessoas não sabem. É óbvio, quando você vê a cena, que ele rejeita a ideia de que alguém em Sião sabia e manteve em segredo, ou até mesmo poderia mantê-lo em segredo. Assim, eles não devem saber.

Também tem o jeito que foi escrito. É bem estereotipado que quando um personagem apresenta duas possibilidades, e elas estão falando sério, o que elas acreditam ser a verdade é o que elas dão em segundo lugar. É por isso que na ficção policial você frequentemente vê algo como:

"É possível que Bob tenha morrido de causas naturais. Ou ele poderia ter sido assassinado".

Você sabe que o segundo é o que a pessoa acredita. No caso da Matriz, a segunda opção é a possibilidade "Ninguém sabe".