Além de @dandy answer, tenho uma hipótese.
A jornada existiu mesmo após a explosão de Tardis.
Lembre-se da aliança de casamento de Amy, trazida para os Tardis por Rory? Mesmo depois de Rory ter sido eliminado do tempo, o anel ainda permaneceu no Tardis. Obviamente só pode Rory / Amy trazer o anel para os Tardis. Isso implicava que a jornada no Tardis ainda existe depois que Rory foi eliminado do Tempo.
A única explicação lógica é que, Rory foi eliminado do tempo em um determinado momento, naquele momento, ele realmente não existia e foi absorvido pelo tempo. Em todos os outros momentos, ninguém consegue se lembrar dele. Em outras palavras, ele só foi esquecido pelas pessoas (não existia, do ponto de vista dos outros), mas todas as suas obras foram conservadas (provadas pela existência do anel de casamento no Tardis).
Aplique essa teoria ao médico, ele foi esquecido por todas as pessoas. Mas Amy é capaz de se lembrar dele, assim o trouxe de volta ao universo. A ação de lembrar o médico realmente o salvou do tempo.