Isso poderia ser " Morte de um Caçador " de Michael Shaara (embora a questão seja suficiente para que outras histórias se qualifiquem).
Nesta história, os humanos estão explorando e explorando um mundo chamado Morgan. Há uma espécie aproximadamente humanóide nativa do planeta, conhecida como "Morgans". A espécie é perigosa para os colonos humanos, matando-os sempre que possível.
Semelhante aos livros de Little Fuzzy, existem incentivos econômicos extremos para os Morgans serem declarados não-inteligentes, e o corpo que decide tais coisas realmente os achou assim. Uma colônia de reprodução dos Morgans deve ser preservada para o futuro; no início, em um recinto fechado, talvez mais tarde para ser lançado em uma parte do planeta indesejável para os seres humanos.
Os restantes Morgans selvagens estão sendo caçados e mortos por caçadores profissionais. O enredo da história diz respeito à última banda selvagem e ao caçador que os rastreia e mata. Ele pessoalmente acredita que os Morgans são inteligentes, mas se reconcilia com o pensamento de que uma população reprodutora deve ser preservada.
O incidente relatado no comentário de @Mithrandir é semelhante, mas não exatamente como o assassinato dos dois últimos indivíduos selvagens.
At approximately the same time that this hunter kills the last wild band, while out of contact in the wilderness, back in the settlement a mistake is made in the enclosure that results in the death of the breeding population. When the hunter finds out that he has exterminated the species, he sets out for revenge on the colony management that brought him in to do the job, murders some of them, and is eventually hunted down in the wilderness and killed himself.