Razões plausíveis:
Diferença de idade. Ou o símbolo é diferente para crianças, então é adulto, e Clark tem usado o filho porque ele não sabe, ou porque Kara já era um adolescente / jovem e está usando uma versão mais antiga do brasão. Clark nasceu mais tarde, portanto, um novo.
Ou, como Dave menciona, eles são da Casa de El, mas não da mesma família. Eles são primos de alguma relação. Na heráldica da vida real, diferentes ramos de uma casa têm símbolos semelhantes, mas diferentes. Até mesmo heráldica ficcional, especificamente todos em Game of Thrones.
Ou por causa do gosto pessoal, de Clark e Kara ou das pessoas que projetam suas roupas. Não são apenas os símbolos diferentes, tudo é. A textura e o material, o acessório do Cabo, as cores, os cintos, etc. Kara tem pulseiras / aberturas no polegar!
E se o programa for parecido com os quadrinhos, os dois atualizarão regularmente sua roupa, tanto pela aparência quanto pela tecnologia. Material melhor ou mais strong. Quando uma roupa é danificada, ela recebe novas que parecem semelhantes, mas diferentes. Veja o Flash ou o Arqueiro Verde, três, quatro equipamentos em tantos anos. ( fora do universo para manter o público interessado ). Clark está no jogo de super-heróis há anos e provavelmente não está no seu primeiro design.
Claro, fora do universo, é porque a produção quer garantir que o público diferencie os dois, e não considerar a Supergirl um clone de Super-Homem. A mesma razão que eles não mostraram Clark na tela para a temporada 1. link Ter roupas idênticas (saia sem resistir) prejudicaria essa meta.